Dünyayı istila eden uzaylıların mağlup edilmesinden 20 yıl sonra dünya, uzaylılardan alınan teknoloji sayesinde gezegenin adeta bir cennete dönüştüğü bir ütopya hâline gelmiştir ve Ay'da da bir üs inşa edilmiştir. Tam da bu zaferin yıl dönümü yaklaşırken tuhaf şeyler olmaya başlar; 20 yıl önceki uzaylı saldırısına karşı koyan Başkan Whitmore garip davranmakta ve birtakım tuhaf semboller çizmektedir. Uzaylıları nasıl yeneceklerini çözen adam olan David Levinson ise düşen uzay gemilerinden birini incelemek üzere Afrika'ya gider; gemiyi elinde bulunduran lider Levinson'ı yanına alır ve geminin düşmeden önce bir imdat sinyali gönderdiğini, ayrıca görünüşe göre Dünya'nın çekirdeğine doğru bir sondaj yaptığını keşfederler. Bu lider de Whitmore ile aynı şeyleri çizmektedir; 51. Bölge'de ise 20 yıl önce bir uzaylı tarafından telepatik saldırıya uğradıktan sonra komaya giren Dr. Okun uyanır ve o da Whitmore'un çizdiği şeylerin aynısını çizmeye başlar. Whitmore herkesi uzaylıların geri döndüğü konusunda uyarmaya çalışırken tam da beklendiği gibi, Ay'ın hemen yakınında bir uzay gemisi belirir. Bu gemi uzaylılarınkinden farklıdır ve Başkana onu vurması tavsiye edilse de Levinson bunun yapılmaması gerektiğini düşünür; ancak Başkan emri verir ve gemiyi vurdurur. Levinson Ay'a gitmek ister ama Başkan onun yıl dönümü kutlamalarına katılmasını arzular; bunun üzerine Levinson, Whitmore'un kızından, Ay üssündekiler arasında yer alan erkek arkadaşından kendisini almasını istemesini rica eder. Ay'a gidip gemiyi inceleyen Levinson bir şey bulur ve bunu alıp 51. Bölge'ye getirir. Aynı esnada, 20 yıl önce gezegene saldıranlara benzer bir uzaylı gemisi ortaya çıkarak gezegene saldırır; Levinson ise 51. Bölge'ye varıp bulduğu şeyi Okun'a teslim eder. Whitmore'un da gelmesiyle birlikte Okun ve Afrikalı liderle eldeki verileri karşılaştırırlar ve uzaylıların 20 yıl önce Dünya'ya neden geldiklerini, şimdi ise yarım kalan işi bitirmek için döndüklerini anlarlar.
