Naboo'nun işgalinden on yıl sonra Galaktik Cumhuriyet, bir Ayrılıkçı hareketle karşı karşıya kalır; eski kraliçe, şimdiki Senatör Padmé Amidala ise Cumhuriyet'i korumakta Jedi'lara yardımcı olacak bir ordu kurulması projesini oylamak üzere Coruscant'a seyahat eder. Varışının ardından kendisine yönelik bir suikast girişiminden kurtulur ve onu koruma görevi Obi-Wan Kenobi ile onun Padawan'ı Anakin Skywalker'a verilir. Şekil değiştiren Zam Wessell'ın peşine düşerler, ancak kadın suikastçı kendisini kimin kiraladığını açıklayamadan zehirli bir okla öldürülür. Jedi Konseyi; Obi-Wan Kenobi'yi Amidala'yı kimin öldürmeye çalıştığını ortaya çıkarmakla, Anakin'i ise Naboo'da Senatör'ü korumakla görevlendirir. Okun Kamino gezegeninden geldiğini keşfeden Obi-Wan, bu uzak gezegene doğru yola çıkar. Burada Cumhuriyet için yıllardır üretilmekte olan bir klon ordusuyla ve klonların genetik modelinin ödül avcısı Jango Fett olduğunu gerçeğiyle karşılaşır. Bu sırada Anakin ve Amidala birbirlerine âşık olurlar; ancak Anakin, annesiyle ilgili kâbus dolu görüler görmeye başlar. Annesini görmek için onun memleketi olan Tatooine gezegenine giderler ve burada annesinin Tusken Yağmacıları tarafından kaçırıldığını öğrenirler. Anakin annesini can verirken bulur ve kadınlar ile çocuklar da dâhil olmak üzere tüm Tusken kabilesini katleder. Obi-Wan ise Jango Fett'i Geonosis gezegenine kadar takip ederek Ayrılıkçı hareketin arkasında kimin olduğunu keşfeder. Jedi Konseyi'ne ulaşamadığı için bulgularını Anakin'e iletir. Peki, Ayrılıkçı hareketin lideri kimdir? Anakin, Obi-Wan'ın mesajını alabilecek midir? Ve Anakin ile Amidala arasındaki bu gizli aşk başarıya ulaşabilecek midir?
